Em obediência ao texto constitucional, o antigo município neutro, agora definido como Distrito Federal da República dos Estados Unidos do Brasil, teria autonomia para criar e para organizar um Judiciário próprio; o primeiro Tribunal do Distrito Federal. Nesse compasso, passaram a existir, distintamente, as Justiças do Estado do Rio de Janeiro e do Distrito Federal, sendo que esta última viria a ser organizada, ainda no Governo Provisório, pelo Decreto nº 1.030 de 14 de novembro de 1890, que instituiu a primeira organização judiciária do Distrito Federal.
É pertinente consignar que a Corte de Apelação do Distrito Federal foi o primeiro Tribunal de Justiça instalado na República e, em função desse ato, os demais tribunais de justiça existentes no Império foram dissolvidos, o que suscitou a necessidade de os Estados programarem a instalação de novos tribunais na República.
A Corte de Apelação, o tribunal de mais elevada instância do Poder Judiciário do Distrito Federal, compunha-se de 12 magistrados e dividia-se em duas câmaras, uma cível e outra criminal, tendo ainda um Conselho Supremo, formado pelo presidente, pelo vice-presidente e pelo juiz mais antigo.
Instalou-se a Corte de Apelação do Distrito Federal em 9 de março de 1891, no antigo edifício da Relação, na Rua do Lavradio, sob a presidência do desembargador Eduardo Pindahyba de Mattos. O primeiro presidente dessa corte, eleito nessa mesma data e investido no cargo no dia seguinte, foi o desembargador Francisco de Faria Lemos.
No ano seguinte, a Corte de Apelação ocupou provisoriamente a antiga residência do Conde da Barca, na Rua do Passeio, prédio onde se alojara, em 1808, a Impressão Régia (antigo nome da Imprensa Régia).
Transferiu-se, em 1913, para um casarão na Rua Luís de Camões, onde permaneceu até 1926. Esse prédio atualmente abriga o Centro de Arte Hélio Oiticica.
O Palácio da Justiça do Distrito Federal, na Rua Dom Manuel, foi inaugurado em cerimônia realizada num sábado, dia 6 de novembro de 1926, conforme se pode constatar pelo noticiário dos jornais da época, embora na ata de inauguração conste a data de 7 de novembro de 1926. Hoje abriga a sede do Museu da Justiça no Rio de Janeiro.